Совмещать статус участника «Сколково» и упрощённую систему налогообложения законодательство действительно позволяет, но описание механизма в материале смешивает два разных налоговых режима и упускает ключевое изменение 2025 года — порог автоматического освобождения от НДС для УСН-плательщиков. Иллюстрирующие «практические кейсы» с компаниями NeuroDev, BioSens, AeroTech и судебное дело SmartLogistics в открытых источниках не подтверждаются.
Главное: организация может одновременно быть участником проекта «Сколково» и применять УСН — прямого запрета в законе нет (подтверждено письмом Минфина России от 24.01.2025 № 03-07-11/6192). Но формулировка «доходы освобождаются от налога на прибыль и от УСН одновременно» некорректна: компания на УСН налог на прибыль не платит в принципе (п. 2 ст. 346.11 НК РФ), поэтому льготе по налогу на прибыль (ст. 246.1 НК РФ) там просто не с чем совмещаться. Условие сохранения льгот участника — доля ДОХОДОВ от проекта не менее 50%, а не доля затрат на НИОКР. Лимит утраты льгот единый для всех кластеров: выручка 1 млрд ₽/год И совокупная прибыль 300 млн ₽ накопительно, а не «1,5 млрд для биомеда и космоса».
Можно ли совмещать УСН со статусом участника
Да, совмещение легально: закон не обязывает участника «Сколково» переходить на общую систему налогообложения. Но механизм здесь тоньше, чем в формулировке «проектные доходы освобождаются от налога на прибыль и УСН». У компании на упрощёнке нет налога на прибыль как отдельного платежа: она платит единый налог по УСН вместо него. Реальный практический вопрос для участника на УСН — не про совмещение двух налогов на прибыль, а про НДС и про то, как учитываются доходы от проекта при расчёте налоговой базы упрощёнки. Второй вопрос требует индивидуальной проверки у специалиста: однозначного и общедоступного разъяснения о прямом исключении доходов от проекта из базы УСН по открытым источникам не подтверждается.
| Утверждение из старой версии статьи | Реальное положение дел |
|---|---|
| «Доходы освобождаются от налога на прибыль и от УСН» одновременно | У компании на УСН нет налога на прибыль как отдельного платежа — льгота ст. 246.1 НК РФ ей нерелевантна в этой формулировке |
| «Расходы на НИОКР должны составлять минимум 50% от всех затрат» | Реальное условие — доля ДОХОДОВ от проекта не менее 50% от совокупных доходов (ст. 246.1 НК РФ) |
| «Лимит выручки увеличен до 1,5 млрд для биомеда и космоса» | Единый порог для всех кластеров: выручка 1 млрд ₽/год И прибыль 300 млн ₽ накопительно, оба условия одновременно |
| Страховые взносы «14% проектный / 30% непроектный персонал» | С 2026 года — единая пороговая схема 425-ФЗ: 30% с выплат в пределах 1,5 МРОТ, 15% с превышения, для всего персонала |
| Кейсы NeuroDev, BioSens, AeroTech и судебное дело SmartLogistics с точными суммами | Такие компании и дела не находят подтверждения в открытых источниках |
НДС на УСН: порог 60 млн ₽, о котором не сказано в старой версии
С 1 января 2025 года организации на УСН по общему правилу стали плательщиками НДС — это касается и участников «Сколково» на упрощёнке. Из этого правила есть автоматическое освобождение: если доход участника на УСН за предыдущий календарный год не превысил 60 млн ₽, с 1 января текущего года он освобождается от обязанностей налогоплательщика НДС. Это общее правило для всех УСН-плательщиков, не специфика Сколково, и порог 60 млн ₽ не совпадает с дуальным лимитом участника «Сколково» на выручку и прибыль. Для участников с доходом выше 60 млн ₽ отдельно может применяться специальная льгота по НДС для участников «Сколково» по ст. 145.1 НК РФ, но точный механизм её применения именно в сочетании с УСН стоит уточнять индивидуально.
Практический вывод: компания, которая ориентируется только на «льготы Сколково автоматически покрывают НДС», рискует упустить общее правило 2025 года о превращении УСН-плательщиков в плательщиков НДС при доходе выше 60 млн ₽. Эти два механизма — льгота участника по ст. 145.1 НК РФ и общее освобождение для малого УСН-бизнеса по порогу 60 млн ₽ — разные, и смешивать их в одну формулировку неточно.
Что реально важно учитывать при выборе режима
Раздельный учёт проектных и непроектных доходов и расходов — разумная практика независимо от системы налогообложения: без него сложно подтвердить и обоснованность льгот перед Фондом, и корректность налоговой базы перед инспекцией. Переход с ОСНО на УСН возможен только с начала следующего календарного года по уведомлению в налоговую, а конкретные пороговые значения по выручке, остаточной стоимости основных средств и численности для права на УСН периодически индексируются — их стоит сверять с актуальной редакцией НК РФ на момент принятия решения, а не с цифрами из старых публикаций.
Про региональные пониженные ставки УСН для отдельных субъектов федерации: такие льготы в законодательстве встречаются, но конкретный список регионов и точные проценты меняются от года к году и утверждаются региональными законами, а не автоматически распространяются на резидентов «Сколково» как таковых. Актуальный список пониженных ставок в конкретном регионе стоит проверять в региональном законе о налогах, а не переносить цифры из чужой статьи без даты и ссылки на источник.
Как выбрать между УСН «Доходы» и «Доходы минус расходы»
Общий принцип выбора объекта на упрощёнке не специфичен для участников «Сколково», но остаётся полезным ориентиром для непроектной части бизнеса: объект «доходы» (ставка до 6% в зависимости от региона) даёт простой учёт без подтверждения расходов и обычно выгоден при высокой рентабельности и минимальных затратах — аренда, лицензирование, консалтинг с небольшими издержками. Объект «доходы минус расходы» (ставка до 15%) требует документального подтверждения затрат, но снижает налоговую базу там, где расходы значительны — торговля, производство, услуги с высокой себестоимостью. Точную ставку в конкретном регионе и год стоит уточнять в региональном законе, поскольку субъекты федерации вправе устанавливать пониженные ставки для отдельных видов деятельности, и эти значения периодически меняются.
При смене статуса участника (утрата или добровольный отказ) льготы прекращаются с начала периода, в котором произошло нарушение условий, а не только с даты решения Фонда — этот принцип задним числом пересчитывает и предыдущую налоговую нагрузку. Именно поэтому мониторинг условий сохранения статуса (доля доходов от проекта, оба лимита по выручке и прибыли) стоит вести на регулярной основе, а не только к моменту подачи годового отчёта.
Что нужно проверить перед выбором режима
- Не описывать совмещение как «освобождение от налога на прибыль и УСН одновременно» — у компании на УСН нет налога на прибыль как отдельного объекта.
- Сверять условие сохранения льгот с реальной формулировкой: доля доходов от проекта не менее 50%, а не доля затрат на НИОКР.
- Учитывать порог автоматического освобождения от НДС для УСН — 60 млн ₽ дохода за предыдущий год, отдельно от лимитов самого статуса участника.
- Пересчитывать страховые взносы по схеме 2026 года (30%/15% от 1,5 МРОТ), а не по устаревшей ставке 14%.
- Не ориентироваться на чужие «практические кейсы» и «судебную практику» с названиями компаний и точными суммами без независимого подтверждения.
Начать стоит с консультации: специалисты, которые сопровождают налоговое планирование участников «Сколково», помогут выбрать режим налогообложения и корректно организовать раздельный учёт с учётом актуальных порогов.
Вопросы и ответы
Можно ли участнику «Сколково» одновременно применять УСН?
Да, прямого запрета нет. Но льгота по налогу на прибыль (ст. 246.1 НК РФ) для компании на УСН нерелевантна, поскольку такая компания налог на прибыль не платит в принципе — вместо него действует единый налог УСН.
Нужно ли участнику «Сколково» на УСН платить НДС?
С 2025 года УСН-плательщики в общем случае стали плательщиками НДС, но при доходе за предыдущий год не выше 60 млн ₽ действует автоматическое освобождение от этой обязанности.
Какое условие реально нужно соблюдать для сохранения льгот участника?
Доля доходов от реализации проекта должна быть не менее 50% от совокупных доходов (ст. 246.1 НК РФ) — это условие про доходы, а не про долю затрат на исследования.
Гранты и налоги: как учитывать грантовое финансирование
При разговоре о налогах участника часто всплывает вопрос про гранты. Важно понимать: грант Фонда это целевое безвозмездное финансирование, а не обычная выручка. Поэтому его не стоит смешивать с налоговым режимом: УСН и льготы касаются налогообложения деятельности, а грант это отдельный источник средств со своими правилами.
На практике это означает, что грантовые средства учитываются отдельно от основной выручки, а за их расходование компания отчитывается по правилам программы. При корректном раздельном учёте и целевом использовании грант обычно не превращается в дополнительный налогооблагаемый доход, но именно раздельный учёт здесь ключевой: без него легко получить претензии. Как устроена грантовая поддержка Фонда, мы разбирали в материале о грантах «Сколково», а полный набор налоговых льгот участника собран в статье о налоговых льготах.
Практический вывод: выбирая налоговый режим, отделяйте его от грантов. Режим определяет, как облагается ваша деятельность, а грант это целевые деньги на конкретные задачи, которые проходят по отдельному учёту. Смешение этих вещей чаще всего и приводит к ошибкам в отчётности.
Источники
- Гарант, письмо Минфина России от 24.01.2025 № 03-07-11/6192: применение освобождения от НДС участником «Сколково» на УСН.
- КонсультантПлюс, ст. 246.1 НК РФ: условие о доле доходов от реализации проекта не менее 50%.